L’administration fiscale a précisé (de 2006 à 2008) le cadre des contrôles des comptabilités informatisées et les principales règles afférentes à la tenue de comptabilités informatisées sincères, régulières et probantes. L’entreprise contrôlée doit être à même de fournir sur la période contrôlée les données et traitements issus, non seulement de la comptabilité générale, mais aussi de toute application informatique susceptible de justifier, même indirectement, les résultats et déclarations.
Afin d’en garantir la valeur probante et l’accès ultérieur, ces données et traitements doivent respecter des règles d’archivage spécifiques.
Ainsi, le vérificateur peut par exemple contrôler de façon exhaustive les données issues du système d’information afin de s’assurer du respect des obligations en matière de TVA et de mention sur factures, et ce sur l’ensemble de la période de contrôle. Les sanctions en cas de non-respect de ces dispositions sont importantes et le risque existe pour l’entreprise de se voir rejeter la comptabilité, faute de valeur probante, ou d’une opposition à contrôle fiscal, au cas où les données et traitements ne seraient pas disponibles.
Le groupe de travail de l’Académie s’est attaché à restituer les principaux enjeux pour les entreprises, proposer une démarche de préparation à ces contrôles et mettre en évidence la valeur ajoutée que peut tirer l’entreprise d’une telle approche : amélioration du système d’information, renforcement du contrôle interne, nouvelles pistes d’économies fiscales, sécurisation des comptes et déclarations, etc....